Einen Biotopverbund von hoher ökologischer Wertigkeit stellen die Salzach und die Salzachaue dar.
Salzach
Bis vor ca. 10.000 Jahren lag im Stammbecken des Salzachgletschers noch ein See von ca. 30 km Länge und 10 km Breite. Im Zuge seines Abflusses gruben sich die Salzachwasser in die sandige Sohle und gestalteten durch Auf- und Abtrag die Flussterrassen. Die oberen Flussterrassen gehören zu den ältesten Siedlungsgebieten, weil sie den Kontakt zum Fluss und dem wertvollen Ackerland erlaubten. Durch den verstärkten Ausbau des Flussgerinnes gegen Ende des 19. Jh. begann eine Phase relativer Stabilität im Flussumland, was zu verstärkter Flussbetteintiefung, Grundwasserabsenkung und Besiedelung der unteren Flussterrasse und teilweise auch der Aue führte.
Als bedeutendster Nebenfluss des Inns hat die Salzach eine Gesamtlänge von 225 km, wovon 60 km die Grenze von Deutschland zu Österreich bilden. Sie entspringt in einer Höhe von 2450 m am Salzachgeier in den Kitzbühler Alpen und mündet bei 344 m ü. NN in den Inn. Heute fließt die Salzach teilweise auf Flinz, größtenteils auf Schotterablagerungen aus Kalksteinen, silikatischen Gesteinen und Schiefer. Fischereiliche Nutzung findet nahezu auf der ganzen Strecke statt. Die Salzach war ein wichtiger Verkehrsweg, weil über Inn und Donau Südosteuropa als Verkehrsweg erschlossen werden konnte. Bereits die Kelten hatten bei Hallein Salz abgebaut und auf der Salzach befördert.
Tierwelt der Salzach und Salzachauen
Unter den Vögeln kommen der Pirol, Schlagschwirl, Grünspecht, Grauspecht und großer Bunt-Specht, Waldohreule und Waldkauz vor. An Flachstellen brüten Wasserralle und Teichhuhn. Zur Zugzeit rasten neben Stockenten und Blässhühnern Krick- und Knäckenten. Bei Niedrigwasser sind Flussuferläufer, Wasserläufer, Bachstelzen und hin und wieder auch der Eisvogel zu sehen. Auch ist der europäische Biber wieder angesiedelt.
In der Salzachaue ist teilweise ein überhöhter Rehbestand vorhanden. Dazu kommen viele Mausarten und der Bisam.
Pflanzen der Auwälder
Vielfältige Kraut- und Strauchschichten, seltene Arten wie Alpenveilchen und Mandelwolfsmilch durch "Alpenschwemmlinge". Auf den zähen Auetonen konzentrieren sich die Knotenblumen (Schneeglöckchen, Blaustern, Gelbstern und Schuppenwurz). Trockenere Stellen enthalten noch Frauenschuh und Kleingriffel, feucht-sandige Flächen Gemskresse, kleine Glockenblume und Alpenleinkraut.
Auf den steilen und fast unzugänglichen Flächen der Salzachleite zwischen Tittmoning und Raitenhaslach haben sich eine vielfältige, naturnahe Vegetation und wichtige Hangwälder erhalten.